В 2009 году с Европейским сообществом по атомной энергии, которое представляли Европейская комиссия и Объединенный исследовательский центр (ОИЦ), были подписаны Практические договоренности, охватывающие сотрудничество в целях укрепления отношений в области исследований, связанных с поведением радиоактивных частиц в окружающей среде и аналитическими методами в области радиохимии; кроме того, были подписаны договоренности о научно-техническом сотрудничестве по вопросам ядерной безопасности, ядерных технологий и энергетического планирования.
В 2012 году Лаборатории окружающей среды МАГАТЭ и Институт образцовых материалов и измерений ОИЦ заключили Практические договоренности в целях укрепления сотрудничества в осуществлении ISO/IEC-17025 для химических измерений в интересах обеспечения экологических стандартов качества и обмена опытом и информацией в области аналитических измерений.
Кроме того, в 2013 году МАГАТЭ и Европейская комиссия подписали Практические договоренности о сотрудничестве по техническим вопросам физической ядерной безопасности. Эти договоренности предусматривают обмен информацией и обеспечивают основу для совместного осуществления действий по обеспечению физической безопасности ядерных материалов и радиоактивных источников в Юго‑Восточной Азии.
Более того, в 2017 году МАГАТЭ и Европейская комиссия подписали Практические договоренности о сотрудничестве в области применения ядерной науки и провели обзор потенциала для осуществления совместных мероприятий и сотрудничества между двумя учреждениями, особенно при содействии Объединенного исследовательского центра Европейской комиссии, чтобы ЕС и государства — члены МАГАТЭ извлекали максимальную выгоду из применений ядерной науки.