В 2000 году МАГАТЭ при разработке своей программы начало применять подход, ориентированный на результат. Ориентированное на результат составление программы и бюджета подразумевает, что программа и бюджет подготавливаются исходя из желаемых результатов, которые формулируются в самом начале процесса и в сопоставлении с которыми в конце программного и бюджетного цикла производится оценка фактических результатов работы. При использовании подхода, ориентированного на результат, разработка программы проходит ряд последовательных этапов, благодаря чему программа отвечает потребностям государств-членов и позволяет наилучшим образом реализовать потенциал Агентства.
Основными источниками финансирования деятельности Агентства являются Фонд регулярного бюджета, Фонд технического сотрудничества и внебюджетные фонды в поддержку программ. Средства для них предоставляют главным образом государства-члены и в некоторых случаях – другие доноры. Взносы во внебюджетные фонды и в Фонд технического сотрудничества являются добровольными.