ويدرس مجلس المحافظين البيانات المالية للوكالة وبرنامجها وميزانيتها ويقدِّم توصيات إلى المؤتمر العام بشأنها. وينظر في طلبات العضوية ويوافق على اتفاقات الضمانات ونشر معايير الأمان الصادرة عن الوكالة. كما يُعيِّن مجلس المحافظين المدير العام للوكالة بموافقة من المؤتمر العام.
وينعقد المجلس عموماً خمس مرات في السنة: في آذار/مارس وحزيران/يونيه ومرتين في أيلول/سبتمبر (قبل المؤتمر العام وبعده) وفي تشرين الثاني/نوفمبر.