En 2000, l’AIEA a adopté l’approche basée sur les résultats pour l’élaboration de son programme. La programmation et la budgétisation basées sur les résultats consistent à formuler un programme et un budget à partir d’un certain nombre de résultats souhaités qui sont définis dès le début du processus et par rapport auxquels l’exécution effective est mesurée à la fin du cycle du programme et budget. Dans le cadre de cette approche, la formulation du programme suit une série d’étapes visant à garantir que celui-ci est conçu pour répondre aux besoins des États Membres et utilise au mieux les capacités de l’Agence.
Les principales sources de financement de l’Agence sont le Fonds du budget ordinaire, le Fonds de coopération technique et le Fonds pour les programmes extrabudgétaires. Ces fonds sont en grande partie alimentés par les États Membres et, dans certains cas, par d’autres donateurs. Les contributions aux fonds extrabudgétaires et au Fonds de coopération technique sont volontaires.