En el año 2000, el OIEA adoptó para elaborar su programa el enfoque basado en los resultados. La programación y presupuestación basada en los resultados entraña formular un programa y presupuesto que responda a los distintos resultados deseados, que se articulan al inicio del proceso y en relación a los cuales se mide la ejecución real al final del ciclo del programa y presupuesto. En un enfoque basado en los resultados, la formulación del programa sigue una sucesión de pasos destinados a asegurar que el diseño del programa satisfaga las necesidades de los Estados Miembros y use el potencial del Organismo de la mejor manera.
Las principales fuentes de financiación del Organismo son el Fondo del Presupuesto Ordinario, el Fondo de Cooperación Técnica y los fondos extrapresupuestarios para programas. Estos los facilitan principalmente los Estados Miembros y, en algunos casos, otros donantes. Las contribuciones destinadas a los fondos extrapresupuestarios y al Fondo de Cooperación Técnica son de carácter voluntario..