وفي أيار/مايو ١٩٩٧، وافق مجلسُ محافظي الوكالة على البروتوكول الإضافي النموذجي الوارد في الوثيقة INFCIRC/540 (في صيغتها المصوبة)، والتمس من المدير العام استخدام هذا النموذج كنصٍّ موحَّد لإبرام بروتوكولات إضافية لاتفاقات الضمانات الشاملة.
وقد صُمِّم البروتوكول الإضافي النموذجي لجميع الدول التي أبرمت أياً من الأنواع الثلاثة من اتفاقات الضمانات المعقودة مع الوكالة. ويتعيَّن على الدول التي لديها اتفاقات ضمانات شاملة والتي تقرِّر إبرام بروتوكولات إضافية وإدخالها حيِّز النفاذ أن تقبلَ جميع أحكام البروتوكول الإضافي النموذجي. ويجوز للدول التي لديها اتفاقات تخصُّ مفرداتٍ بعينها أو اتفاقات ضمانات طوعية أن تقبلَ وتنفّذ تدابير البروتوكول الإضافي النموذجي التي تكون مستعدة لقبولها.