ويضع القسم والمختبر المرتبط به تقنيات تحليلية مبتكرة ويعدلانها ويتحققان منها للكشف عن الملوثات الكيميائية والبيئية في الأغذية ومكافحة الغش في الأغذية. ويكتسي ضمان صحة سلسلة إمدادات الأغذية وتتبعها وتكاملها أهمية متزايدة بالنسبة للتجارة. وتُنقل هذه التقنيات إلى المختبرات الوطنية والهيئات الرقابية في الدول الأعضاء للمساعدة على بناء وتعزيز نظم مراقبة أمان الأغذية لديها.
ويشمل عمل القسم أيضاً الدعم التقني والإرشادات بشأن تطبيقات ما بعد الحصاد لتقنيات تشعيع الأغذية للمساعدة على الحفاظ على جودة الأغذية والحد من مخاطر الأمراض المنقولة بالغذاء والآفات الغازية ودعم تنفيذ الضوابط المناسبة للصحة أو الصحة النباتية. ويجري تنفيذ أنشطة البحوث ونقل التقنيات والمهارات عن طريق إنشاء شبكات دولية من مؤسسات البحوث والرقابة على الأغذية.
وثمة تركيز آخر للقسم يتمثل في عمله المتعلق بالتأهب والتصدي للطوارئ النووية، الذي يضطلع به بالتعاون الوثيق مع أقسام الإنتاج الحيواني وصحة الحيوان، وتحسين السلالات النباتية وصفاتها الوراثية، وإدارة التربة والمياه وتغذية المحاصيل. وهذه الأنشطة جزء من شبكة دولية لا تشمل الوكالة الدولية للطاقة الذرية فحسب، بل تشمل أيضاً منظمة الأغذية والزراعة للأمم المتحدة، ومنظمة الصحة العالمية، وهيئات دولية أخرى.
ويشمل عمل القسم في هذا الميدان الحفاظ على خطط التصدي لحالات الطوارئ، ووضع معايير وقواعد للتعامل مع النشاط الإشعاعي في الأغذية والزراعة، ومساعدة الدول الأعضاء على معالجة المسائل المتعلقة بالتلوث الإشعاعي في الأغذية والزراعة.